Dne 18. listopadu 2014 Policie ČR Martina Půtu obvinila na základě podezření z přijetí úplatku v souvislosti s připravovanou rekonstrukcí kostela sv. Máří Magdalény v Liberci.^[18] Do doby, než se situace vyjasní, pozastavil Půta své předsednictví Starostů a nezávislých (hnutí mezitím vede jeho 1. místopředseda Petr Gazdík).^[19] Proti obvinění podal stížnost.^[20] V prosinci 2015 odstoupil z čela hnutí Starostové a nezávislí, přičemž funkci nevykonával už od listopadu 2014, kdy mu bylo sdělené obvinění.^[21]

Avšak vedl z pozice člena hnutí STAN v krajských volbách v roce 2016 kandidátku hnutí Starostové pro Liberecký kraj a podařilo se mu volby v Libereckém kraji vyhrát.^[22][23] Vítězné hnutí Starostové pro Liberecký krajuzavřelo krajskou koalici s druhým hnutím ANO 2011, čtvrtou ČSSD a pátou ODS. Následně byl dne 22. listopadu 2016 zvolen po druhé hejtmanem Libereckého kraje (obdržel 30 hlasů od 41 přítomných zastupitelů).^[24]

V únoru 2017 policie předala státnímu zástupci návrh na podání obžaloby na Půtu, další 13 lidí a čtyři firmy. Policie ho viní z přijetí úplatku a zneužití pravomoci úřední osoby.^[25]

#148727: - Milion chvilek pro zloděje ze STAN... 

Ano, máte naprostou pravdu. Politika je o tom, že by se v ní měli angažovat poctiví lidé, a ne, aby se obvinění politici spojovali. Půta i Babiš by se měli zodpovídat ze svých činů, ale bez výkonů politických funkcí. Proto jsem STAN stejně jako ÁNO také nevolil a volit nebudu!

#148727: - Milion chvilek pro zloděje ze STAN... 

Nic překvapivého, demožumpa je samý zloděj a vrah.